Фамилия Кирюнина в своей основе имеет уменьшительное имя Кирюня. Это одна из народных, «домашних» форм, которые в русской традиции было принято давать человеку в быту, в кругу семьи или соседей. Полное имя, от которого пошло Кирюня, может быть любым из нескольких крестильных имён — Кирилл, Кир или Кириан. Все они греческого происхождения и в переводе означают «господин» или «владыка».

Сама модель образования фамилии — суффикс -ин — указывает на принадлежность: Кирюнин сын, Кирюнина дочь, то есть «из семьи Кирюни». Такая модель была особенно распространена в центральных и северных губерниях России, где фамилии на -ин закрепились в крестьянской и мещанской среде. Поэтому можно предположить, что основатель рода Кирюниных был человеком простого сословия — крестьянином или ремесленником.

Среди святых покровителей этих имён особенно известен мученик Кир Александрийский. По житию, он родился в Александрии, с юности овладел врачебным искусством и лечил бесплатно, а заодно проповедовал христианство среди язычников. Эта деталь не делает всех Кирюниных потомками врачей, но добавляет имени-основе культурный контекст: имя Кир в народной памяти связывалось с образом целителя и праведника.

Интересно, что однокоренные фамилии — Кирюшин, Кирьянов, Кириллов — образованы от разных форм того же корня. Кирюнина стоит в этом ряду особняком именно из-за суффикса -ин и мягкой основы, что характерно для прозвищных или уменьшительных имён на -я. Встречается фамилия нечасто, но имеет чёткое словообразовательное «лицо»: её не спутаешь с другими.