Фамилия Кирюнова хранит в себе имя, которое в старину было едва ли не самым популярным в крестьянской среде. В её основе — просторечная форма канонического имени Кирилл. На Руси имя Кирилл, пришедшее из греческого (kyrios — «господь», «владыка»), быстро обросло уменьшительными вариантами: Кирюха, Кирюша, Кирюня. Последняя форма — Кирюня — и дала начало фамилии. Притяжательный суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей сын?» — Кирюнов, то есть потомок человека по прозвищу Кирюня.

Интересно, что фамилия Кирюнова — женская форма, а мужская — Кирюнов. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только закреплялись за крестьянскими родами, форма на -ов была типична для северных и центральных губерний России. В южных и западных регионах чаще встречались варианты с суффиксом -енко (Кирюненко) или -ук (Кирюнюк). Поэтому Кирюновы — это, скорее всего, выходцы из-под Вологды, Костромы или Владимира.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «кирюня» могло быть прозвищем, данным за манеру поведения — например, за привычку «кирюкать», то есть ворчать или напевать себе под нос. Но это лишь догадка, основанная на диалектной лексике. Основной и надёжный корень — всё же имя Кирилл.

В XIX веке фамилия Кирюнов (и её женская форма) встречалась в среде государственных крестьян и мещан. В метрических книгах и ревизских сказках можно найти записи о крестьянах Кирюновых, живших в Ярославской и Тверской губерниях. Никаких дворянских ветвей у этой фамилии не прослеживается — она оставалась народной, простой, без гербов и титулов. Это делает её типичным образцом русской фамилии, образованной от крестильного имени через ласковое прозвище.