Фамилия Кирюнин — типичный пример «полуотчества»: её основа восходит к краткой форме крестильного имени, а суффикс -ин указывает на принадлежность. В данном случае корень — Кирюня, разговорный вариант имени Кирилл. На Руси имя Кирилл, греческое по происхождению (от κύριλλος — «господин», «владыка»), быстро обросло уменьшительными формами: Кирюха, Кирюша, Кирюня. Последняя и легла в основу фамилии. Модель образования проста: Кирюня → сын Кирюни → Кирюнин. Такой способ был массовым в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей: фамилию давали по отцу, и суффикс -ин закреплялся за основами на -а/-я.

Интересно, что фамилия Кирюнин не единственная в этом гнезде. Однокоренные Кирюхин, Кирюшин, Кирьянов (от Кирьян — народной формы Кирилла) и Кириллов конкурируют друг с другом по частоте. Кирюнин встречается реже, чем, скажем, Кирюхин, но чётко привязана к северным и центральным губерниям России. По переписным книгам XVII века носители фамилии фиксируются в Вятском крае и на Урале — регионах, куда активно переселялись крестьяне из Новгородской и Вологодской земель. Это объясняет, почему сегодня Кирюнины чаще встречаются в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии.

Споров вокруг происхождения фамилии почти нет: версия от Кирилла — единственная надёжная. Иногда пытаются связать Кирюнина с диалектным словом «кирюня» (неопрятный человек), но это натяжка: прозвище Кирюня в старых документах не зафиксировано, а уменьшительное имя — сплошь и рядом. Социальный состав носителей — в основном крестьяне, реже — духовенство (священники нередко брали фамилии от имён в уменьшительной форме, но для Кирюнина это нетипично). Сословных перегородок фамилия не перешагивала: дворянских родов Кирюниных в «Бархатной книге» нет.

Если коротко: Кирюнин — фамилия-отчество от домашнего имени Кирюня, что значит «сын Кирилла». Предки, скорее всего, были крестьянами Русского Севера или Приуралья.