Фамилия Кирюпин — редкий случай, когда суффикс и основа вступают в противоречие. На слух она кажется типично «русской»: суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу или главе семьи. Но если бы фамилия была образована по стандартной модели от имени Кирюпа (гипотетической формы от Кирилл), то логичнее было бы ожидать фамилию *Кирюпин — и она действительно встречается, хоть и редко. Кирюпин же, скорее всего, — результат опрощения или диалектного произношения. В русских говорах, особенно северных и сибирских, звук [п] мог вытеснять [ф] в заимствованных именах: фамилию могли записать со слуха, как слышали. То есть исходная форма — Кирюфин, от имени Кирюфа (просторечный вариант того же Кирилла). А Кирюфа, в свою очередь, — это уменьшительное от Кирилл через промежуточную форму Кирюха: суффикс -ф(а) давал прозвища вроде Кирюфа, Савофа, Митрофа.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но тоже возможная. В псковских и тверских говорах «кирюпа» могло означать не имя, а прозвище — угрюмого, ворчливого человека (от «кирюкать» — ворчать, брюзжать). Тогда Кирюпин — потомок Кирюпы, то есть человека с тяжелым характером. Однако это лишь гипотеза: в словарях русских народных говоров такое слово не зафиксировано, а фамилия явно восходит к церковному имени.

Географически Кирюпины — жители центральной России и Поволжья. По данным переписей XIX века, фамилия встречалась в Тамбовской, Рязанской и Нижегородской губерниях. В этих краях имя Кирилл было одним из самых распространенных, а его уменьшительные формы давали десятки фамилий — от Кириллова до Кирюшина. Кирюпин — один из самых неожиданных вариантов в этом ряду, сохранивший память о том, как звучала живая речь в деревне, где «Кирилл» превращался в «Кирюпа» или «Кирюфа», а потом оседал в метриках уже в современном виде.