Фамилия Кирюхин образована от имени Кирилл, что в переводе с греческого означает «маленький господин». В основе фамилии лежит просторечная форма этого имени — Кирюха. Имя Кирилл принадлежало многим святым и церковным деятелям, в том числе известному философу, проповеднику и создателю славянской письменности. Однако сама фамилия указывает на происхождение из простого сословия: суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам на -а, -я и обозначал принадлежность («чей?»). Таким образом, Кирюхин — это потомок человека, которого в быту звали Кирюхой.

Интересно, что у фамилии есть близкие «родственники» — Кирюшин, Кирьянов, Кириллов. Все они восходят к одному каноническому имени Кирилл, но через разные народные формы. Кирюхин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Митюхин (от Митя), Ванюхин (от Ваня), где суффикс -юх- придаёт имени оттенок просторечности и даже ласкательности. В документах XVI–XVII веков, например, встречаются крестьяне и посадские люди с именем Кирюха — это была живая, разговорная форма, нередко фигурировавшая в писцовых книгах как мирское имя наряду с крестильным.

Географически фамилия Кирюхин чаще всего встречается в центральных и северных областях России — в бывших Владимирской, Костромской, Вологодской губерниях. Там имя Кирилл было особенно популярно, а его производные формы — Кирюха, Кирюша — закрепились в обиходе. Скорее всего, основатель рода Кирюхиных был крестьянином или ремесленником, чьё прозвище по имени со временем стало наследственным. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из тех, что «вышли из народа» и сохранили в себе живую речь Древней Руси.