Фамилия Кирюхина образована от имени или прозвища Кирюха. Чаще всего Кирюха — это разговорная форма крестильного имени Кирилл, которое в переводе с греческого означает «маленький господин». У имени Кирилл в истории христианства известно более двадцати святых покровителей: среди них равноапостольный Кирилл, учитель Словенский, и преподобный Кирилл Белоозерский, и святитель Кирилл Александрийский. Однако Кирюха мог быть и формой других греческих имён со схожим значением — Кириан («господин, владыка») или Кириак («господний»). Есть и более редкая версия: что Кирюха — это просторечный вариант имени Кирсан, народной формы канонического имени Хрисанф («златоцветный»).

Не стоит сбрасывать со счетов и прозвищную гипотезу. В говорах Поволжья «кирюхой» называли пьяницу. Если в основе фамилии лежит это диалектное слово, то предок носительницы фамилии получил такое прозвище за пристрастие к хмельному. В любом случае, суффикс -ин указывает на принадлежность: потомок Кирюхи — Кирюхин, а для женщины — Кирюхина.

Среди известных носителей мужского варианта фамилии — Анатолий Михайлович Кирюхин (1938—2003), заслуженный тренер России, долгие годы возглавлявший ярославский футбольный клуб «Шинник», и Владимир Иванович Кирюхин (род. 1922), академик РАН, крупный учёный в области энергетики, лауреат Государственной премии СССР.