Фамилия Кирюховы образована от имени собственного Кирюха — просторечной формы церковного имени Кирилл. В переводе с греческого языка Кирилл означает «маленький господин» (от слова «кириос» — господин). Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а личное имя родоначальника, которого в быту звали Кирюхой. Потомки этого человека со временем получили фамилию Кирюховы.

По способу образования фамилия относится к распространённому типу отчеств на -ов. Суффикс -ов присоединялся к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный (в данном случае к «Кирюх»), и указывал на принадлежность: «чей?» — «Кирюхов сын» или «внук Кирюхи». Такая модель была особенно характерна для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ов стали массово закрепляться в XV–XVII веках.

Если сравнивать Кирюховых с однокоренными фамилиями, заметна разница в суффиксах: Кирюхин (на -ин) встречается реже, Кирюшин (на -шин) — тоже возможный вариант, но Кирюхов — самая распространённая форма. Встречаются и более редкие варианты написания, например Кирюховский, но они, скорее всего, указывают на польское или украинское происхождение.

О точном месте и времени возникновения фамилии Кирюховы сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и без архивных документов установить конкретную дату или деревню, где жил первый Кирюха, невозможно. Однако имя Кирилл было одним из самых популярных в православной среде, поэтому носители этой фамилии могли появиться независимо друг от друга в разных губерниях.