Фамилия Кирюшин образована от уменьшительного имени Кирюша — одной из народных форм канонического имени Кирилл. Имя пришло на Русь из греческого языка, где kyrillos означает «маленький господин» или «владыка». В старину Кирилл был распространённым именем: в истории христианства известно более двух десятков святых покровителей этого имени, что и обеспечило его популярность в разных слоях общества.

Кирюша — характерный пример того, как в крестьянской и посадской среде полное церковное имя заменяли на более короткий и привычный бытовой вариант. От этого уличного прозвища или домашнего имени и пошла фамилия. Модель образования простая: к основе на -а (Кирюш-) добавился типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ин. Он указывает на то, что речь идёт о потомке: «чей? — Кирюшин сын», то есть сын человека по имени Кирюша.

Интересно, что по той же словообразовательной схеме возникли и другие фамилии от производных форм имени Кирилл: Кирьянов, Кириллов, Кирсанов (от Кирсан — ещё один вариант того же имени). Но Кирюшин стоит особняком: суффикс -ин здесь крепче привязан к конкретной просторечной форме, которая в документах XVI–XVII веков встречается как самостоятельное имя, а не только как уменьшительное.

В некоторых говорах Кирюшей могли прозвать не только носителя имени Кирилл, но и человека с определённой манерой поведения или внешностью — в северных и сибирских диалектах «кирюха» иногда означало «простак» или «неповоротливый». Однако эта версия менее вероятна: подавляющее большинство носителей фамилии Кирюшин получили её от имени, а не от прозвища.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в бывших владениях Новгорода и Рязанского княжества. В переписных книгах XVII века Кирюшины записаны среди крестьян и посадских людей — дворянских ветвей у этой фамилии, судя по доступным источникам, не было.