Фамилия Кирюшенко образована от просторечной формы церковного имени Кирилл. В переводе с греческого «кириос» означает «господин», «владыка», так что полное имя Кирилл — это «маленький господин». На русской почве имя обросло множеством уменьшительных вариантов: Кирюша, Кирюха, Кирюня. Именно Кирюша и стал основой для фамилии.

Модель образования здесь — типичная для украинских и южнорусских фамилий. Суффикс -енко (в безударном положении иногда пишется как -енко) указывает на прямое родство: Кирюшенко буквально значит «сын Кирюши». Такие фамилии закрепились в XVI–XVII веках сначала в казацкой среде, а потом и среди крестьян Левобережной Украины. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность («чей?»), фамилии на -енко подчёркивали происхождение («чей сын?»).

Интересная деталь: в основе лежит не полное каноническое имя, а его обиходный, домашний вариант. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где людей называли не по паспорту, а по повседневному имени. Кирюшей в семье могли звать и взрослого мужчину, и мальчика — прозвище прилипало к человеку прочнее, чем официальное имя.

Встречается фамилия в основном в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани. По сравнению с однокоренными Кирюхиным или Кирилловым, Кирюшенко сохраняет более архаичную, «уменьшительную» основу, что реже встречается у фамилий на -енко.

Никакого отношения к слову «кирюха» в значении «рыбак» или «пьяница» эта фамилия не имеет — это чисто патронимическая конструкция от имени.