Фамилия Кирюникова — женская форма фамилии Кирюников. В основе её лежит имя или прозвище, и здесь есть два почти равновероятных пути, по которым могла пойти русская ономастика.

Первый и самый очевидный вариант: Кирюник — это просторечная, обиходная форма крестильного имени Кир (или Кирилл), образованная с помощью суффикса -юник. Такие уменьшительно-ласкательные варианты были обычны в крестьянской среде: Кирилл превращался в Кирюшу, Кирюню, а от Кирюни — в Кирюника. Суффикс -ик в этом случае указывает на «маленького, младшего»: Кирюник — буквально «маленький Кир». Тогда фамилия Кирюников — типичный «патроним»: сын Кирюника. Эта версия надёжна и проста, она объясняет подавляющее большинство случаев.

Второй, более редкий, вариант связан с мирским прозвищем Кирюник. В русских говорах «кирюха» или «кирюк» могло означать человека сварливого, ворчливого, либо, наоборот, бойкого и задиристого (сравните с диалектным «кирикать» — кричать, шуметь). Суффикс -ник в прозвищах часто указывал на постоянное свойство: «ворчун», «крикун». Однако эта версия менее вероятна: фамилии от гнёзд Кир-/Кирю- в массе своей восходят именно к имени Кирилл, а не к нарицательным словам.

Фамилия редкая, географически «кустовая». По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, основные носители фамилии Кирюниковы (и, соответственно, Кирюниковы) исторически сосредоточены в двух регионах: на юге России (Ростовская область, Краснодарский край) и в Поволжье (особенно в Самарской и Ульяновской областях). Такая разбросанность указывает на то, что фамилия возникла независимо в разных местах — в каждом селе мог быть свой Кирюник. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: в дворянских родословных она не зафиксирована.

Кирюниковы — не путать с более распространённой фамилией Кирюшкины (от Кирюшка) и Кирьяновы (от Кирьян, народной формы имени Кириан). Суффикс -ик в основе Кирюник — деталь, которая сразу выделяет эту фамилию среди соседних «кирилловских»: она звучит ласковее и «домашнее», как будто предка в семье звали не полным именем, а именно так — уменьшительно, по-свойски.