Фамилия Кирнина — женская форма, а её мужской вариант Кирнин — довольно редкая русская фамилия, в основе которой почти наверняка лежит нецерковное имя или прозвище Кирня. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Кир, которое в старину было самостоятельным, а не сокращением от Кирилл. В русских говорах «кира» означало нечто маленькое, крошечное, а в некоторых диалектах — тихого, смирного человека. Таким образом, Кирней могли назвать невысокого ростом или спокойного по характеру ребёнка.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Кирнин буквально значит «сын Кирни» или «из рода Кирниных». Это типичная модель для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Интересная особенность: фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах, но её географическое ядро — Вологодская, Архангельская и Кировская области. В этих местах имя Кир (не путать с церковным Киром) встречалось в писцовых книгах XVII века. Например, в переписи 1627 года по Вологде упоминается крестьянин Кирка Офонасьев — именно такие формы дали жизнь фамилии.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: в некоторых говорах «кирня» называли человека, который кирикает (кричит, шумит), но это скорее народная этимология. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит подобные образования к группе «от прозвищ по внешним или поведенческим признакам».

Сословно Кирнины, судя по архивным данным, были в основном крестьянами и мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречается она и у староверов — в старообрядческих скитах на Урале и в Сибири имя Кир сохранялось дольше, чем в официальной церковной традиции.