Фамилия Кирниченко — типичный пример восточнославянской фамилии на -енко, которая в украинской и белорусской традиции указывала на происхождение по отцу: «сын Кирничи» или «потомок Кирничи». Суффикс -енко в XVII–XVIII веках массово закрепился за казацкими родами Левобережной Украины и Слобожанщины, поэтому географически фамилия чаще всего встречается в Черниговской, Полтавской, Сумской областях, а также в прилегающих районах России.

Основа фамилии — Кирнича. Это не каноническое имя, а скорее народная форма от крестильного имени Кирилл (греч. «господин», «владыка»). В украинском диалекте имя Кирилл могло звучать как Кири́на, а уменьшительная форма с суффиксом -ич дала Кирнич, Кирнича. Такое стяжение согласных (Кирилл → Кирнича) — обычное явление для живой речи, где имя «обкатывалось» бытовым произношением.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Кирнича от слова «кирник» (в некоторых говорах — «крикун», «задира») или от «кирна» (диалектное «пень», «коряга»). Однако в ономастике предпочтение отдают имени-основе, так как прозвищные фамилии с таким корнем редки и плохо документированы.

Интересная деталь: в польских и белорусских метриках встречается фамилия Kierniczenko (с «е» после «к»), что указывает на влияние польской орфографии на написание. В России же форма Кирниченко закрепилась без йотированного начала, что говорит о более ранней русификации фамилии. Если бы фамилия возникла в центральной России, она, скорее всего, приняла бы форму Кирничев или Кирничкин — суффикс -енко выдает именно украинское или южнорусское происхождение.

Социально предки Кирниченко, скорее всего, относились к казачеству или крестьянству, но не к шляхте: фамилии на -енко в Речи Посполитой редко давали дворянству, которое предпочитало формы на -ский/-цкий. В переписях XIX века Кирниченко встречаются среди государственных крестьян и мещан, что подтверждает их непривилегированное, но свободное сословие.