Фамилия Кирненко — один из характерных примеров восточнославянской модели фамилий на -енко, которая массово формировалась на землях современной Украины и юга России. Суффикс -енко в XVI–XVII веках был уменьшительным, но со временем закрепился как фамильный показатель, чаще всего означающий «сын» или «потомок». В основе Кирненко лежит имя или прозвище Кирна — производная форма от канонического имени Кирилл (греч. «господин», «владыка»). В народной речи имя Кирилл давало множество сокращений: Киря, Кирюха, Кирша, а также Кирна. От последнего и пошла фамилия: Кирна → Кирненко, то есть «сын Кирны».

Менее вероятный, но возможный вариант — связь с диалектным словом «кирна» (или «кирный»). В некоторых говорах так называли упрямого, своенравного человека, либо, наоборот, того, кто «киркает» — покрикивает, ворчит. Однако более надёжным остаётся антропонимическое происхождение: подавляющее большинство фамилий на -енко образовано от личных имён, а не от нарицательных слов.

Интересно, что фамилия Кирненко встречается реже, чем однокоренные Кирьянов, Кириленко или Кириченко. Это говорит о том, что форма Кирна не была повсеместной, а бытовала в определённых локальных традициях. Вероятнее всего, предки носителей фамилии жили в центральных или восточных областях Украины — в зоне активного закрепления фамилий на -енко, где имя Кирилл в бытовом варианте Кирна дало начало этому родовому прозвищу.

Сословно фамилия не указывает на дворянство: Кирненко — типичная крестьянская или казацкая фамилия. В реестрах запорожского казачества и в метрических книгах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировали за простыми людьми, без приставок и окончаний, выдающих шляхетское происхождение. Таким образом, Кирненко — фамилия, которая прямо говорит о своём носителе как о потомке человека по имени Кирна, а через него — о связи с древним христианским именем Кирилл.