Фамилия Кирнев образована от прозвища Кирнь. Слово «кирнь» могло происходить из малороссийского (украинского) глагола «киринити» — «создавать беспорядок, пачкать». Скорее всего, прозвище отражало особенности поведения или характера человека: неаккуратного, склонного к шалостям или суете.

Есть и вторая версия. Фамилия Кирнев могла возникнуть как фонетический вариант фамилии Кырнев. В этом случае исходное прозвище Кырнь связывают с румынским словом «cîrn», которое переводится как «курносый». Здесь прозвище могло указывать на внешнюю черту — форму носа. Какая из версий точнее, сказать сложно: обе лингвистически допустимы, но вторая требует допущения, что фамилия прошла через звуковую замену «ы» на «и», что для южнорусских и украинских говоров не редкость.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединился к основе Кирнь, означая «сын Кирня» или «потомок Кирня». Такие фамилии закрепились в XV–XVII веках, когда прозвища переходили в наследственные именования.

Географически фамилия встречается в разных регионах, но есть конкретное указание: в Книге памяти Южно-Казахстанской области упомянут Кирнев Петр Николаевич, родившийся в 1906 году в селе Тереклинское Тереклинского района Калужской области. Это говорит о том, что корни фамилии могут лежать в центральной России, в частности в Калужской губернии. Возможно, прозвище Кирнь было местным, диалектным словом, не зафиксированным в литературном языке.