Фамилия Крюнькин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу заметна необычная основа «крюньк-», которая не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых ремёслах. Скорее всего, это не прямое прозвище, а результат фонетических изменений, которые произошли в живой речи.

Наиболее вероятная версия — связь с диалектным словом «крюк» или «крючок». В русских говорах существовало слово «крюнька» — так в некоторых областях называли небольшую изогнутую палку, кочергу или даже согнутого человека. Прозвище Крюня или Крюнька могли дать сутулому, горбатому либо чрезвычайно придирчивому человеку (от «крючкотвор»). Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Крюнькин, то есть сын или потомок Крюньки.

Есть и более прозаичное объяснение: фамилия могла возникнуть из прозвища Крюк через промежуточную форму Крюнька. Уменьшительно-ласкательный суффикс «-ньк-» характерен для северных и сибирских говоров, где часто смягчали грубые прозвища. Тогда Крюнькин означает «внук или потомок того, кого звали Крюк» — возможно, человека с характерной внешностью или профессии, связанной с крюками (рыбак, портной, грузчик).

В пользу первой версии говорит то, что фамилии на «-нькин» вообще редки: они образовывались от уменьшительных форм, которые в документах фиксировали реже, чем полные. Поэтому Крюнькин — скорее всего, локальная фамилия, закрепившаяся в одном-двух регионах. Встретить её можно преимущественно в центральной России и Поволжье, где сохранились говоры с «крюнькой». Сословного барьера у неё не было: прозвище могли носить и крестьяне, и мещане, а фамилию оформили задним числом при переписях XIX века.