Фамилия Ксантиниди — одна из тех, что не встречается в центральной России случайно. Её происхождение прозрачно для тех, кто знаком с греческой ономастикой, и почти загадочно для остальных. Это фамилия греческого корня, и её основа — топоним «Ксанти». Так называется город в греческой Фракии, а также река, протекающая неподалёку. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из этого города или его окрестностей.

Фамилия образована по продуктивной греческой модели с суффиксом -иди (в русской передаче -иди, реже -идис). Этот суффикс в греческом языке — аналог русского -ов: он указывает на принадлежность, происхождение, часто на родство. Буквально Ксантиниди можно перевести как «потомок (человека) из Ксанти» или «уроженец Ксанти». В греческом словообразовании это патронимический суффикс, но в данном случае он прикреплён не к личному имени, а к названию места, что типично для фамилий греков-понтийцев и малоазийских греков.

В России фамилия Ксантиниди — примета греческой диаспоры. Массово такие фамилии появились в конце XIX — начале XX века, когда греки переселялись из Османской империи и с побережья Чёрного моря на юг России, в Причерноморье, на Кубань и в Крым. Многие из них были торговцами, ремесленниками или моряками. Фамилия могла закрепиться и в советское время, когда греки подвергались депортациям, в частности из Краснодарского края в Среднюю Азию, поэтому носителей Ксантиниди можно встретить не только в южных регионах, но и в Узбекистане, Казахстане.

Ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Ксантиниди́, что соответствует греческому произношению. Вариант с ударением на третий слог встречается, но реже и чаще в русскоязычной среде. По сути, это фамилия-указатель: она сразу говорит о географических корнях рода, а не о профессии или внешности предка. Споров о происхождении здесь почти нет — версия с городом Ксанти единственная и надёжная.