Фамилия Ксандиниди — одна из тех, что сразу выдают греческое происхождение. Её выдают суффиксы -иди и -ди, чрезвычайно распространённые в греческой ономастике. Они образуют отчества или фамилии по принципу «сын такого-то» или «принадлежащий к роду такого-то». В данном случае основа — Ксандин. Это либо личное имя, либо прозвище.

Корень слова, скорее всего, восходит к греческому «ксантос» (ξανθός) — «светлый», «русый», «золотистый». В древнегреческом языке это слово было распространённым эпитетом, а в византийскую эпоху стало личным именем. Ксандин — это уменьшительная или производная форма от Ксантос. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть сыном человека по имени Ксандин или потомком человека, которого прозвали «светловолосым».

Интересно, что фамилия Ксандиниди — яркий маркер понтийских греков. Она характерна для греческого населения Причерноморья, исторической области Понт (северо-восток современной Турции). После геноцида греков в начале XX века и последовавшего обмена населением между Турцией и Грецией многие понтийцы оказались в Греции, а часть — в Российской империи и СССР. Поэтому носители фамилии Ксандиниди в России, на Украине или в Грузии — почти наверняка потомки понтийских греков, сохранивших родовое имя.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и не склоняется у женщин. На письме встречаются варианты Ксандинидис (с конечным сигмой, характерным для номинатива в греческом) и Ксандиниди, но в русской среде закрепилась форма без конечного «с», как и у большинства греческих фамилий на -ди. Это не ошибка, а адаптация к местной грамматике.