Фамилия Ксандинов — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия хранит явное греческое происхождение. Это русифицированный вариант греческой фамилии Ксандопуло, где фамильный суффикс -пуло (сын) заменили на привычный русский -ов. Такая замена — типичный сценарий для выходцев из греческих поселений Причерноморья и Приазовья, которые в XIX веке массово переселялись в Российскую империю и адаптировали свои фамилии под местные стандарты.

Корень фамилии восходит к греческому слову xenos — «чужеземец, чужак». Скорее всего, основатель рода Ксандиновых получил такое прозвище как раз по причине своего происхождения: он был переселенцем, человеком, пришлым из другого города или области. В греческой среде это было распространённым способом закрепить за человеком его статус новичка, который со временем превратился в наследственное имя.

Менее вероятная, но тоже возможная версия связывает фамилию с греческой просторечной формой имени Александр — Ксандр. В переводе с греческого это имя означает «мужественный; защитник людей». Однако в пользу первой гипотезы говорит то, что фамилии от имён обычно сохраняют полную форму основы, а не усечённую, и фамилия Ксандров или Ксандровский была бы логичнее, если бы в основе лежало имя. Ксандинов же явно несёт в себе след греческого суффикса -идис или -инос, что характерно для фамилий, образованных от прозвищ.

Фамилия очень редкая. Встречается преимущественно в южных регионах России — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Крыму, где исторически сложились крупные греческие общины. По сути, носитель фамилии Ксандинов — потомок греческого переселенца, чья фамилия прошла путь от прозвища «чужак» до звучной русской фамилии.