Фамилия Ксандинова редкая и звучит не по-русски. Её основа — Ксандин — почти наверняка не славянского происхождения, а значит, искать в ней древнерусское прозвище или крестильное имя вроде Ивана или Петра бесполезно.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от географического названия. Наиболее вероятный кандидат — город Ксанди (Xanthi) на северо-востоке Греции, во Фракии. В русской традиции XIX века этот топоним могли передавать как «Ксандин» или «Ксанди». Тогда Ксандинов — это «выходец из Ксанди», а Ксандинова — женская форма от той же основы. Такая модель типична для фамилий, которые давали грекам, болгарам или русским, долго жившим в греческих землях (например, в среде понтийских греков или русских купцов, торговавших с Османской империей).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским или кавказским корнем. В тюркских языках есть слово «ксан» или «кан» (кровь, род), но с прибавкой «дин» (вера) это не складывается в осмысленное имя. Однако в антропонимике народов Кавказа встречаются фамилии на -динов (например, Ахмединов), образованные от арабских имён с компонентом «дин» (вера). В таком случае «Ксандин» могло быть искажением арабского имени, например, Хасан-ад-Дин (красота веры), где первый слог отпал или изменился под влиянием местного произношения.

Суффикс -ов- в фамилии Ксандинова — стандартный русский патронимический формант. Он указывает на то, что фамилия обрусела: её носители уже в XIX — начале XX века жили в русскоязычной среде и получили фамилию по русской модели от отца по имени Ксандин. Само имя Ксандин в святцах отсутствует, что подтверждает его нецерковное, светское происхождение.

География фамилии сегодня — единичные случаи в России, в основном в южных регионах (Краснодарский край, Ростовская область) и на Северном Кавказе. Это косвенно поддерживает обе версии: и греческую (через Причерноморье), и кавказскую. Уточнить, какая из них верна для конкретной семьи, можно только по семейным преданиям или архивным записям о месте рождения предка.