Основой фамилии Ксенченко послужило церковное имя Ксенча. Имя Ксенча скорее всего является происзводной формой канонического мужского имени Авксентий, которое образовано от греческого слова auxano, что значит «увеличиваться, возрастать». Таким образом, имя Авксентий переводится на русский язык как «возрастающий, великан». В истории православия известно четыре святых покровителя этого имени: мученик Авксентий (день памяти 7 февраля); преподобный Авксентий (27 февраля и 1 мая); преподобный Авксентий Вологодский (25 июня); мученик Авксентий (25 декабря). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ксенча, со временем получил фамилию Ксенченко.