Фамилия Ксенчина — редкий пример, когда женская форма закрепилась в качестве основной, а не как вариант мужской фамилии. Обычно такие фамилии на -ина образованы от мужских на -ин, но здесь не всё так однозначно.

В основе фамилии лежит имя Ксеня — народная, уменьшительная форма от Ксения. В русской традиции Ксения — это полное церковное имя, а Ксеня бытовало как домашнее обращение, особенно в северных и центральных губерниях. Однако фамилия могла возникнуть и напрямую от прозвища «Ксеня», которое давали не только по имени, но и по характеру или внешности — так могли называть тихого, скромного или, наоборот, «чудаковатого» человека (от греческого «ксенос» — чужой, странный).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ксенчина буквально значит «дочь или жена Ксени». Но в отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Петров, Ксенчина почти не встречается в старых переписных книгах — это говорит о том, что фамилия могла сложиться поздно, уже в XIX веке, когда крестьянам давали фамилии по имени матери (матчество), а не отца. В таком случае предок женщины по имени Ксеня мог быть известен в деревне как «Ксенчин сын» или «Ксенчина дочь», и это прозвание закрепилось за всем родом.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям России: единичные записи встречаются в Псковской, Смоленской и Московской губерниях. В украинском и белорусском вариантах та же основа дала бы фамилию Ксенченко или Ксенюк — русская форма на -ина осталась редкой.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ксенина, Ксенов, Ксенчук, — то Ксенчина выделяется именно грамматической формой. Она не «женская версия» мужской фамилии, а самостоятельное образование, которое могло принадлежать и мужчине, и женщине без изменения окончания. В современных документах носители фамилии встречаются редко, что делает её скорее реликтом локального именования, чем массовым явлением.