Фамилия Ксенократов — редкий случай, когда в основе лежит не крестильное имя, не прозвище и не профессия, а античное греческое имя собственное. Она происходит от имени Ксенократ, которое носил древнегреческий философ IV века до н. э., ученик Платона и глава Академии. В переводе с греческого «ксенос» означает «чужой, гость», а «кратос» — «сила, власть», так что имя можно истолковать как «имеющий власть над чужеземцами» или «сильный гость».

В русскую ономастику это имя попало не напрямую из античности, а через церковный календарь. В святцах есть несколько святых с именем Ксенократ, например мученик Ксенократ, пострадавший в III веке. Именно от канонической формы имени и образована фамилия с помощью стандартного русского суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «Ксенократов» буквально означало «сын Ксенократа» или «из рода Ксенократа».

Фамилия эта — исключительно книжная, семинарская или священническая. В крестьянской или купеческой среде её возникновение маловероятно: слишком сложное и небытовое имя. Чаще всего такие фамилии давали в духовных училищах и семинариях ученикам, чтобы выделить их среди однофамильцев или подчеркнуть учёность. Ксенократов — почти наверняка потомок кого-то из духовного сословия, возможно, сын священника, получивший фамилию в честь редкого святого.

Если сравнить с более распространёнными фамилиями на ту же греческую основу, например с Ксенофонтовым (от имени Ксенофонт — «чужеземный голос»), то Ксенократов встречается гораздо реже. В дореволюционных адрес-календарях и списках духовенства она попадается единично, в основном в центральных губерниях России. Сегодня её носителей можно пересчитать по пальцам, что делает фамилию своеобразным маркером: если вы Ксенократов, ваши предки почти наверняка были связаны с церковью или духовным образованием.