Фамилия Ксенократова — одна из тех редких русских фамилий, что образована не от обиходного имени или прозвища, а напрямую от древнегреческого личного имени. В основе лежит имя Ксенократ (греч. Ξενοκράτης), которое переводят как «чужеземная сила» или «сила чужестранца» (от «ксенос» — чужой, гость и «кратос» — сила, власть). Носительницей фамилии в исходной женской форме могла быть дочь или жена человека по прозвищу Ксенократ — так могли назвать в семинарской среде или в образованных кругах, где греческие имена давали по церковному календарю или просто из книжной моды.

Сама модель — Ксенократ + ов(а) — типична для русских фамилий, заканчивающихся на -ов/-ев. Окончание -а указывает на принадлежность женщине: в официальных документах XIX века жену или вдову часто записывали по фамилии мужа в такой форме. То есть Ксенократова — это исторически «жена Ксенократова» или «дочь Ксенократа». Мужской вариант, Ксенократов, встречается ещё реже, и оба они практически не выходят за пределы узкого круга носителей, в основном сосредоточенных в центральных регионах России.

Словообразовательный разбор прост: корень Ксенократ-, суффикс -ов- и окончание -а. Но интересна не столько морфология, сколько происхождение основы. Имя Ксенократ известно с античности — его носил древнегреческий философ, ученик Платона. В православные святцы оно не вошло, поэтому в крестьянской среде фамилия почти не встречалась. Скорее всего, Ксенократовы — потомки духовенства или разночинной интеллигенции, где греческие имена давали при поступлении в семинарию (так называемые «семинарские» фамилии) либо использовали как редкое календарное имя. В синодальных списках святых имени Ксенократ нет, но в греческих месяцесловах встречается мученик Ксенократ, что могло повлиять на выбор.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ксеноков, Ксенофонтов — показывает, что все они восходят к греческим именам на «ксен-». Ксенофонтов, например, распространён шире, а Ксенократова осталась на периферии фамильного списка. Географически фамилия привязана к нескольким точкам: по данным переписей, носители Ксенократовых в XIX веке фиксировались в Тверской и Ярославской губерниях, а также в Москве. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается единично — не более нескольких десятков человек на всю страну.

Поскольку фамилия редкая, никаких известных исторических личностей с ней не связано — это не повод для разочарования, а признак того, что род, скорее всего, не был дворянским или купеческим, а оставался в среде мелкого духовенства или служащих. Написание фамилии устойчивое, без вариантов: Ксенократова — через «е» после «К», ударение, судя по греческому прообразу, падает на последний слог основы: Ксенокрáтова.