Фамилия Кщпытина — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает произношение и происхождение. На первый взгляд она кажется искусственной или искажённой при переписи, но на деле это вариант фамилии, образованной от прозвища или имени, которое в диалектах звучало иначе.

Скорее всего, основа здесь — «кщп» — это искажённое «кщ» или «кш», что восходит к древнерусскому или диалектному слову «кощь» (кость, худой, тощий) или к имени Кощей. В южнорусских и белорусских говорах сочетания «щ» и «шч» часто смешивались, а при записи фамилии по слуху могли передать как «кщп». Фамилии на -ин типичны для северной и центральной России: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — Кщпытина, то есть дочь или жена Кщпыты). Мужской вариант — Кщпытин.

Менее вероятно, но возможно, что корень связан с глаголом «кщытить» (редкий диалектный глагол, означающий «скупиться» или «жадничать»). Тогда прозвище Кщпыта — скупой человек. Однако такая лексема почти не зафиксирована в словарях, поэтому версия с «кощь» надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны традиции прозвищного именования: Псковская, Новгородская области, а также северные районы Беларуси. Встречаемость крайне низкая — носители могут быть сосредоточены в одном-двух селениях.

Социально предки Кщпытиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия недворянская, не образована от церковного имени — это чисто бытовое прозвище, которое закрепилось за родом в XVII–XVIII веках. В переписных книгах того времени такие «тёмные» фамилии часто записывали на слух, что и дало нынешнее труднопроизносимое написание.