Фамилия Капытина — женская форма, мужской вариант — Капытин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Капыта, которое в русских говорах имело несколько значений. Самое прямое — от слова «копыто». В старину прозвище Капыто могли дать человеку с крупными, широкими ступнями или с тяжелой, грузной походкой, которая напоминала цоканье копыт. В некоторых диалектах «капыта» означало «обувь», «башмаки», поэтому прозвище могло закрепиться за сапожником или башмачником.

Словообразовательная модель проста: к основе Капыт- добавлен патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Капыты). Такая модель типична для северных и центральных регионов России. В южных и восточных областях чаще встречается форма Капытов (с суффиксом -ов), что делает фамилию Капытин географически маркерной: она указывает на корни из северных или среднерусских земель, например, из-под Вологды, Костромы или Архангельска.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «капытаться» — возиться, копаться, делать что-то медленно. В этом случае прозвище Капыта могло закрепиться за неторопливым или кропотливым человеком. Однако из-за прямого и очевидного значения «копыто» первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, в списках столбцового дворянства или известных купеческих родов не встречается. Скорее всего, Капытины — это крестьянский или посадский род, где прозвище перешло в фамилию в XVII–XVIII веках, когда у крестьян и ремесленников начали массово фиксировать наследственные фамилии. Встречается фамилия и в форме Капытина с ударением на второй слог, что характерно для некоторых говоров Поволжья.