Фамилия Ксюшенька — редчайший случай в русском ономастиконе. Если вы её встретили, то перед вами, скорее всего, не старинная родовая фамилия, а позднее, искусственное образование или, что вероятнее, паспортная ошибка, закрепившаяся в документах.

В основе фамилии лежит женское имя Ксюша, уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Ксения (в переводе с греческого «гостеприимная», «чужестранка»). Суффикс -еньк- в русском языке традиционно придаёт имени оттенок нежности, ласки. Однако в качестве фамильного суффикса он абсолютно нетипичен. Классические русские фамилии образуются с помощью суффиксов -ов/-ев (Ксюшин, Ксюшев), -ин (Ксюшин) или -ский (Ксюшинский). Форма на -енька характерна для прозвищ, кличек или, в редких случаях, для фамилий, возникших из «уличных» имён в некоторых южнорусских говорах, но даже там это большая редкость.

Основная версия происхождения — ошибка при записи. В XIX — начале XX века, при переписях или выдаче паспортов, писарь мог записать человека по его домашнему, ласковому прозвищу (например, внучку бабушка звала «Ксюшенька», так и записали в ревизскую сказку). Либо это женская фамилия в неизменяемой форме, данная незаконнорождённому ребёнку по имени матери или бабушки, но оформленная не по правилам, а как есть — «Ксюшенька». Суффикс -к-а в конце тоже работает против фамильной нормы: подавляющее большинство русских фамилий оканчивается на согласный или -ий/-ый.

Географически фамилия почти не встречается. В базах данных и телефонных справочниках она единична. Если вы её носитель, то, скорее всего, ваши предки были крестьянами или мещанами из центральной или южной России, где фамилии закрепились поздно и часто фиксировались «на слух», без оглядки на литературную норму. Сословная принадлежность предков — почти наверняка крестьянство или однодворцы.

Корень фамилии (Ксюш-) отсылает к имени Ксения, которое было особенно популярно в купеческой и мещанской среде. Возможна и вторая, совсем маловероятная версия: фамилия могла быть дана в семинарской среде как «благозвучная» от имени святой Ксении Петербургской, но форма -енька для духовенства нехарактерна — они предпочитали Ксенофонтов или Ксениин.

Таким образом, Ксюшенька — не столько фамилия в привычном смысле, сколько личное прозвище, застывшее в документах. Её уникальность именно в этой аномальной для русского языка форме.