Фамилия Кцоева происходит от мужского имени или прозвища Кцой. В основе, скорее всего, лежит кавказское имя Къэсэй, которое связывают с адыгским словом «къэс» — «появление», «прибавление». Возможно, имя давали долгожданному или позднему ребенку. Есть и другая версия: Кцой могло быть местным вариантом тюркского имени Кази, что значит «судья». В исламе кази — это шариатский судья, авторитетный знаток Корана и Сунны, по статусу стоящий выше имама. Слово «кази» и его производные встречаются в фамилиях многих народов, но в случае с Кцоевой мы видим характерную кавказскую фонетическую переработку: имя сократилось и изменилось до формы Кцой.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Кцоев — буквально «сын Кцоя», «из рода Кцоя». Это типичная модель для русских и многих северокавказских фамилий, оформленных по русскому образцу. Фамилия бытует преимущественно в Осетии и среди осетинской диаспоры. В документах начала XX века встречается упоминание: Кцоев Александр Гиноевич, осетин, родился в 1897 году в селении Кадгарон. Это одно из немногих ранних письменных свидетельств, которое подтверждает северокавказские корни рода. Точное время и место возникновения фамилии можно установить только в ходе углубленного генеалогического поиска, но ясно, что её носители происходят из среды, где смешались кавказские и тюркские языковые и культурные традиции.