Фамилия Кубахидзе — типичный пример грузинской фамилии, образованной по распространённой модели с суффиксом -идзе. Этот суффикс, означающий «сын», указывает на происхождение из западной Грузии, в первую очередь из Имеретии, Гурии или Самегрело. В отличие от восточногрузинского окончания -швили («дитя»), -идзе исторически свидетельствует о более древних родовых связях и часто встречается у княжеских и дворянских фамилий, хотя не всегда гарантирует знатное происхождение.

Основа фамилии — «Куба» — вызывает споры. Самая прямая версия: это уменьшительная форма мужского имени Якоб (Иаков), которая в грузинском языке превратилась в Куба. В таком случае Кубахидзе — «сын Кубы», то есть потомок человека по имени Куба. Есть и альтернативное объяснение: слово «куба» в некоторых грузинских говорах могло означать «горб» или «горбатый», и тогда прозвище дали человеку с характерной внешностью. Однако антропонимисты чаще склоняются к именной версии, так как прозвищный корень встречается реже, а имя Куба как сокращение от Иакова зафиксировано в исторических записях.

Географически фамилия Кубахидзе рассредоточена по всей Грузии, но её ядро — западные регионы. Встречается она и в России, куда попала в результате миграций XIX–XX веков. В дореволюционных источниках Кубахидзе могли записывать и как Кубадзе, без «хи» — это особенность диалектного произношения или упрощения при записи в метрических книгах. Носители фамилии традиционно занимались земледелием, виноградарством и скотоводством, а в городах — ремёслами, но сословная принадлежность варьировалась от крестьян до мелких дворян.

Редкость фамилии в том, что она не имеет однозначных параллелей в других языках Кавказа. В отличие от фамилий на -швили или -дзе, которые легко «переводятся» на русский лад (через -ов/-ев), Кубахидзе осталась без изменений. Это делает её ярким маркером именно западногрузинского происхождения, и при поиске корней стоит обращать внимание на имеретинские или гурийские приходские книги.