Фамилия Кубайкина — женская форма фамилии Кубайкин, и её происхождение стоит искать не в географическом названии, а в прозвище или имени. Основа фамилии — «Кубайка» или «Кубай», что сразу отсылает нас к нескольким версиям.

Самая вероятная и простая: прозвище Кубайка (или Кубай) могло быть связано с диалектным словом «кубай» — в некоторых русских говорах так называли короткую, плотную фигуру, а иногда и просто круглый предмет, шар. Человек с таким прозвищем, скорее всего, был коренастым, приземистым или круглолицым. Суффикс -ин в фамилии Кубайкин указывает на принадлежность: «сын Кубайки» или «из семьи Кубайки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или неканонических имён.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским именем Кубай (или Кобай). В татарском и башкирском языках «кубай» может означать «светлый», «бледный» или быть компонентом сложных имён. Если предки Кубайкиных жили в Поволжье или на Урале — в зоне активных русско-тюркских контактов, — фамилия могла возникнуть как русифицированная форма татарского имени. Однако в таком случае исходная форма скорее была бы Кубаев или Кубайкин — с тем же суффиксом -ин, что и в сотнях фамилий от тюркских корней.

Третья, совсем редкая гипотеза: «кубайка» — это не прозвище, а название головного убора или детали одежды (сравните: «кубанка» — шапка). Но прямых лингвистических подтверждений этому нет, и версия остаётся спекулятивной.

Географически фамилия Кубайкин встречается нечасто, но заметна в центральных регионах России и в Поволжье. Сословного барьера у неё не было: прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину. В документах XIX века Кубайкины — это в основном крестьяне и однодворцы, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ.

Итак, если вы носите фамилию Кубайкина, ваш предок, скорее всего, получил прозвище за внешность или характер — был «кубаем», то есть плотным, круглым человеком. Или же корни уходят в тюркскую среду, где имя Кубай означало «светлый». Обе версии имеют право на жизнь, но первая — проще и логичнее для русской ономастики.