Фамилия Кубайжанов — яркий пример того, как в русской фамилии закрепилось имя или прозвище тюркского происхождения. Её основа, «Кубайжан», скорее всего, восходит к составному личному имени, где «Кубай» — один из вариантов имени Куба (в тюркских языках может означать «светлый», «рыжеватый» или «собака» — последнее нередко давали как имя-оберег), а «жан» (от персидского «джан» — душа, жизнь) — популярный компонент в мусульманских именах, придающий ласкательный оттенок. Таким образом, Кубайжан можно понять как «светлая душа» или «милый Кубай».

Модель образования фамилии — русский суффикс принадлежности -ов, добавленный к тюркскому имени. Такая схема типична для фамилий, возникших в среде крещёных или обрусевших тюркских народов (казахов, татар, башкир) в XIX — начале XX века. Суффикс -ов указывает на патронимический характер: Кубайжанов буквально означает «сын Кубайжана». Фамилия не имеет славянского корня, но полностью вписалась в русскую грамматику.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых фамилий на -ов от односложных имён (Темиров, Ахметов), Кубайжанов сохраняет редкую трёхсложную основу с характерным тюркским сочетанием «жан». Это делает её легко узнаваемой и указывает на регион возможного происхождения — скорее всего, Казахстан или сопредельные области Поволжья и Южного Урала, где имена с компонентом «жан» особенно часты.

О сословной принадлежности первых носителей судить сложно: фамилия могла появиться как у рядовых кочевников или крестьян, так и у представителей степной знати, чьи имена фиксировали при переходе в оседлость или при записи в рекруты. В любом случае, Кубайжанов — это фамилия, которая прямо говорит о тюркских корнях и семейной традиции именования, уходящей в дореволюционную эпоху.