Фамилия Кубинець — редкий случай, когда географическое прозвище прямо указывает на этническое происхождение или место жительства предка. Основа фамилии — слово «кубинець» (кубинец), то есть житель Кубы. Однако в украинском и белорусском контексте, где фамилия и встречается чаще всего, это не обязательно указывает на остров Куба. Речь может идти о местном названии: в западных регионах Украины и Польши «Куба» — уменьшительная форма имени Якуб (Яков). Таким образом, Кубинець могло означать «сын Кубы» или «человек из рода Кубы», то есть потомка Якова.

Суффикс -ець (в русском варианте -ец) — типичный для украинских и польских фамилий, образованных от названий местностей или прозвищ. Он указывает на принадлежность к чему-либо: кубинець — «тот, кто с Кубы» или «тот, кто относится к Кубе». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепляли отчество, украинские фамилии на -ець часто фиксировали прозвище или место выхода.

Спорный момент — связь с этнохоронимом «кубинец» (житель Кубы). В XIX веке, когда фамилии уже сложились, реальных контактов с Кубой у крестьянства не было. Поэтому версия с именем Якуб выглядит правдоподобнее: в украинской традиции имя Яків давало производные Куба, Кубик, Кубець, а от них — фамилии Кубинець, Кубенко, Кубик. Встречается также вариант написания с твёрдым знаком — Кубинецъ, что характерно для дореволюционных документов.

В современной Украине фамилия Кубинець распространена преимущественно в западных областях — Львовской, Ивано-Франковской, Тернопольской. Это подтверждает её связь с местной антропонимической традицией, а не с экзотическим топонимом. В России фамилия редкая, чаще встречается в варианте Кубинец, и тоже концентрируется в регионах, граничащих с Украиной.