Фамилия Кубинцев образована от прозвища Кубинец, которое, скорее всего, восходит к названию деревни Кубино в Череповецком районе Вологодской области России. Сам топоним, вероятно, восходит к слову «куб», или тюркскому имени Кубай, которое в переводе на русский язык означает «бледно-бурый». Вполне вероятно, что основатель рода Кубинцевых был уроженцем этой деревни. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Кубинец, со временем получил фамилию Кубинцев.