Фамилия Кубинцев — отчество второго порядка, образованное по русской модели: основа «Кубинец» плюс патронимический суффикс -ев. Это значит, что прозвище Кубинец носил глава семьи, а его дети стали Кубинцевыми. В центре разбора — вопрос, откуда взялось это прозвище.

Самая прямая версия — географическая. В Череповецком районе Вологодской области существовала деревня Кубино. Жителя такой деревни в соседних сёлах называли Кубинец — по месту выхода. Такие прозвища были обычны для крестьян, переселявшихся в другую волость: человеку не нужно было иное прозвище, достаточно сказать «он кубинец». Фамилия Кубинцев, таким образом, могла закрепиться за потомками выходца из Кубина.

Корень «куб-» в названии деревни спорен. Слово «куб» в русских говорах имело несколько значений: мера сыпучих тел, котёл для варки соли, а иногда и просто «высокая шапка». Менее вероятно, но возможно объяснение через тюркское имя Кубай («бледно-бурый»): такое имя мог получить ребёнок из-за цвета волос, а от него — прозвание, а потом и название поселения.

Фамилия редкая, её бытование почти целиком привязано к югу Вологодской области и соседним районам Ярославской и Костромской губерний — зоне расселения выходцев из череповецких земель. В дворянских родословных книгах Кубинцевы не значатся: это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше середины XVII века, когда прозвища по названиям мелких деревень стали массово превращаться в наследственные фамилии.