Фамилия Кубота звучит для русского уха необычно, и это не случайно: она не славянского, а японского происхождения. В отличие от подавляющего большинства фамилий в России, которые образованы от имён, прозвищ или профессий, Кубота — это готовая японская фамилия, записанная кириллицей. Поэтому искать в ней славянский суффикс -ов или -ин бессмысленно: модель образования здесь совершенно иная.

На японском языке эта фамилия записывается двумя иероглифами: 久保田. Первый иероглиф 久 (ку) означает «долгий» или «древний», второй 保 (бо) — «защищать», «сохранять», а третий 田 (та) — «рисовое поле». Вместе они образуют значение «долго хранимое рисовое поле» или «старое охраняемое поле». Это типичная для Японии «топонимическая» фамилия: её давали семьям, жившим возле такого поля или владевшим им. В феодальной Японии фамилии были привилегией самураев и знати, а простые крестьяне получили их массово только после реставрации Мэйдзи в конце XIX века, часто выбирая себе названия по месту жительства. Так что предки человека с фамилией Кубота, скорее всего, были либо самураями, владевшими наделом, либо крестьянами-земледельцами, чей род издавна обрабатывал конкретный участок.

В современной Японии фамилия Кубота встречается довольно часто, входит в сотню самых распространённых. В России же она редка и почти всегда указывает на то, что носитель имеет японские корни, либо фамилия была получена через брак. С точки зрения русского языка она не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Кубота), и склоняется, если принадлежит женщине (Анны Куботы). Ошибочно искать в ней польские или украинские связи — перед нами чистый пример того, как фамилия может прийти из совершенно другой языковой системы и сохранить свою первоначальную семантику, связанную с землёй и её возделыванием.