Фамилия Кубата — редкий пример, где за основу взято слово, имевшее совершенно разное значение в разных регионах России. В архангельских говорах «кубатой» называли большую крынку, а в орловских — ситный хлеб. Соблазнительно сразу приписать предка к гончарам или пекарям, но более вероятно, что прозвище Кубата получил полный человек. В старину названия объёмных предметов быта (крынка, кадка, жбан) легко переносили на людей с крупной фигурой — это был распространённый и необидный приём.

Тем не менее, у фамилии есть и вторая версия происхождения, не связанная с русским диалектом. Основа «Кубат» встречается в тюркских именах, где означает «мощный», «сильный». Если предки носили тюркское имя Кубат, то при его адаптации в русской среде фамилия могла закрепиться в форме Кубата — без типичных суффиксов -ов или -ин, что для русских фамилий редкость. Обычно такую «голую» основу сохраняют фамилии украинского или белорусского происхождения, либо те, что возникли из прозвища в форме существительного.

Из-за отсутствия фамильного суффикса определить сословие или точную географию первых носителей сложно. Ясно лишь, что фамилия не массовая: её носители встречаются в основном на юге России и в Поволжье, где сильны диалектные и тюркские влияния.