Фамилия Кубушкин — редкий пример, где исходное слово почти не скрылось за суффиксами, а сохранило свою форму. Основа здесь — «кубушка». Это не уменьшительное от «куб» (геометрическая фигура), а вполне конкретный бытовой предмет: на Русском Севере и в Сибири кубушкой называли деревянную кадушку или бочонок с крышкой, в котором хранили мёд, крупу или соль. В некоторых говорах так же именовали глиняный горшок с узким горлом для масла. Прозвище Кубушка могли дать коренастому, плотному человеку с округлыми формами — по сходству с бочонком, — либо бондарю, который эти кадушки делал.

Модель образования прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — Кубушкин значит «сын или потомок Кубушки». В русской антропонимии -ин присоединяли к основам на -а/-я, поэтому фамилия естественно легла на прозвище Кубушка, в отличие от более редкого варианта Кубушков, который мог бы появиться от основы Кубуш. Форма с -ин встречается чаще и звучит органичнее для севернорусских и сибирских фамилий.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных списках она не массовая, но встречается в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях — именно там кубушка как предмет быта была в ходу, а прозвища по утвари давали особенно охотно. В центральных и южных регионах России её почти нет: там предпочитали другие слова для похожей посуды (кадка, бочка, жбан).

Любопытно, что однокоренные фамилии — Кубышкин, Кубасов, Кубов — тоже отсылают к ёмкостям или фигурам, но Кубушкин стоит особняком из-за суффикса -ушк-, который в основе придаёт прозвищу ласкательный или уменьшительный оттенок. Это не официальное прозвище, а скорее домашнее, деревенское: Кубушкой в семье могли называть младшего, пухлого ребёнка, и прозвище закреплялось за родом уже как фамилия.

По сословной принадлежности носители Кубушкиных — почти наверняка крестьяне или ремесленники, возможно, бондари. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советское время фамилия не получила широкого распространения, и сегодня её можно встретить эпизодически, в основном на северо-востоке Европейской части России.