Фамилия Кубышкины происходит от прозвища Кубышка. Его значение неоднозначно, и за ним стоит как минимум две версии, обе имеющие отношение к быту и внешности. Первая отсылает к ремеслу: «кубышкой» называли узкогорлый сосуд с раздутыми боками, а также высокую кадку для кумыса или сбивания масла. В этом случае предок Кубышкиных мог быть гончаром, бондарем или торговать посудой. Вторая версия — прозвище по внешности: кубышкой в народе называли плотного, низкорослого человека, «толстячка» — по сходству с той же пузатой посудиной. Слово «кубышка» восходит к «кубан» — большой крынке или кувшину с носиком и ручкой.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Кубышк- добавился суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Кубышки» или «человека из семьи Кубышки». Форма Кубышкины — множественное число, которое в русской традиции закрепилось за целым родом или семьёй.

Исторические документы подтверждают древность прозвища. В трудах С. Б. Веселовского упоминаются: Кубышка Василий, крестьянин (1593 год, Арзамас), и Кубышкин Иван, крестьянин (1634 год, Нижний Новгород). Эти записи показывают, что прозвище бытовало в центральных и поволжских землях, а фамилия начала оформляться уже в первой половине XVII века. Точное место возникновения фамилии Кубышкины установить сложно — процесс становления родовых имен был долгим и шёл параллельно в разных регионах, но именно нижегородско-арзамасский след выглядит наиболее надёжным.