Фамилия Кубышкин — один из тех случаев, когда прозвище предка точно описывает либо его внешность, либо занятие. В основе лежит слово «кубышка». В старину так называли два совершенно разных предмета: с одной стороны, это узкогорлый сосуд с раздутыми боками (большая крынка, кувшин с носиком и ручкой), с другой — высокая кадка для кумыса или для сбивания масла. Разница в значении даёт две версии происхождения.

Первая версия — ремесленная. Если предка прозвали Кубышкой за то, что он делал глиняную или деревянную посуду, то фамилия указывает на профессию гончара или бондаря. Вторая версия — по внешности. Кубышкой в народе могли назвать плотного, коренастого человека, толстячка — по аналогии с пузатым, раздутым сосудом. Оба объяснения правдоподобны, и какое из них верно для конкретной семьи, теперь не узнать.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Кубышк(а) добавили суффикс принадлежности -ин, получив буквальное значение «чей?» — сын Кубышки. В документах XVII века уже встречаются ранние носители: в 1593 году в Арзамасе записан крестьянин Василий Кубышка, а в 1634 году в Нижнем Новгороде — Иван Кубышкин. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в центральных и поволжских землях, где была развита торговля и ремёсла.

Сейчас фамилия редкая, но встречается преимущественно в тех же областях — Нижегородской, Владимирской, а также на юге России. Искать её носителей в дворянских родословных не стоит: судя по архивным данным, Кубышкины изначально были крестьянами и посадскими людьми.