Прозвище Кубыша восходит к слову «кубышка» - «узкогорлая посудина с раздутыми боками; глиняный, пережабистый в горле кувшин; бутылка, фляга, пузыристая склянка; кожаный или деревянный дорожный сосуд для питья». Поэтому можно предположить, что основатель рода Кубышиных занимался изготовлением посуды. Однако не исключено, что прозвище Кубыша носил плотный коротыш, толстячок. Следует отметить, что подобные прозвища в старину воспринимались достаточно спокойно, т.к. полнота считалась признаком здоровья, достатка. В старину родственные прозвища были довольно популярны. Веселовского записаны: Кубышка Василий, крестьянин, 1593 г., Арзамас; Кубышкин Иван, крестьянин, 1634 г., Нижний Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кубыша, со временем получил фамилию Кубышин.