Фамилия Кубышин образована от прозвища Кубыша. В основе лежит слово «кубышка» — так в старину называли узкогорлый сосуд с раздутыми боками, глиняный кувшин, флягу или дорожную бутыль. Первое, что приходит на ум: предок Кубышиных мог заниматься гончарным делом или бондарством, то есть изготовлением такой посуды. Однако слово имело и переносное значение — так могли прозвать плотного, коренастого человека, коротышку или толстячка, ведь полнота в те времена считалась признаком здоровья и достатка, и подобные прозвища не носили оскорбительного оттенка.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Кубышин — «сын Кубыши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я. В исторических документах встречаются родственные упоминания: у С. Б. Веселовского записаны Кубышка Василий, крестьянин 1593 года из Арзамаса, и Кубышкин Иван, крестьянин 1634 года из Нижнего Новгорода. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в центральных и поволжских землях.

Слово «кубышка» многозначно: помимо посуды и человека, им могли называть денежный горшок или клад, но для прозвища эта версия менее вероятна — скорее, имели в виду внешность или ремесло. Фамилия Кубышин не относится к числу самых распространенных, но её прозрачная этимология и связь с конкретными ремесленными или бытовыми реалиями делают историю происхождения вполне определенной.