Фамилия Кубышкина — одна из тех, что образованы от прозвища, и её основа таит в себе сразу несколько возможных значений. В основе лежит слово «кубышка», которое в старину имело два основных смысла. Первый — бытовой: так называли высокую кадку для кумыса или сбивания масла, а также узкогорлый кувшин с раздутыми боками — «кубан» или «кубышка». Второй смысл — переносный, шутливый: кубышкой могли прозвать плотного, невысокого человека, «толстячка», за сходство с пузатым сосудом.

По первой версии, предок Кубышкиных мог быть ремесленником — бондарем или гончаром, делавшим такую посуду. По второй — прозвище дали за внешность. Выбрать что-то одно сложно: обе версии равноправны и подтверждаются логикой языка.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, что типично для русских фамилий, образованных от слов женского рода (в данном случае — «кубышка»). Окончание -а указывает на принадлежность женщине, то есть современная форма Кубышкина — это исходный вариант для женской линии рода, тогда как мужская форма — Кубышкин.

Письменные источники подтверждают древность прозвища. В трудах историка-ономаста С. Б. Веселовского упоминается Кубышка Василий, крестьянин из Арзамаса (1593 год), а также Кубышкин Иван, крестьянин из-под Нижнего Новгорода (1634 год). Эти записи показывают, что фамилия бытовала в центральных и поволжских землях уже в XVI–XVII веках. Скорее всего, род Кубышкиных происходил из крестьянской или посадской среды — именно в этих слоях прозвища, данные по предметам быта или внешности, были особенно распространены.