Фамилия Кубышев образована от прозвища Кубыш. В его основе лежит слово «кубышка» — так в старину называли узкогорлую посудину с раздутыми боками, глиняный кувшин, бутылку, флягу или дорожный сосуд для питья. Это прозвище могло относиться к так называемым профессиональным именованиям: вполне вероятно, что основатель рода Кубышевых занимался изготовлением такой посуды — был гончаром или бондарем.

Однако есть и другая версия, не менее правдоподобная. Прозвище Кубыш могли дать плотному, коренастому человеку, коротышу или толстячку — по сходству фигуры с округлой кубышкой. В старину подобные прозвища воспринимались спокойно: полнота считалась признаком здоровья и достатка, так что обидного оттенка в нём не было. В быту такое именование часто закреплялось за человеком прочнее крестильного имени, а со временем перешло к потомкам в виде фамилии.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кубышев — буквально «сын Кубыша». Это типичная русская патронимическая фамилия, возникшая в среде крестьян и посадских людей, где прозвища были основным способом различать однофамильцев.

Стоит заметить, что фамилия не слишком распространена географически. Встречается она в основном в центральных и поволжских областях России, что косвенно подтверждает связь с гончарным промыслом, который был развит именно в этих регионах. В отличие от более частых вариантов вроде Кубышкин, форма Кубышев сохранила более архаичный суффикс и прямое обращение к прозвищу, а не к предмету.