Фамилия Кубышина образована от прозвища Кубыша. В основе лежит слово «кубышка» — «узкогорлая посудина с раздутыми боками»: глиняный кувшин, бутылка, фляга или дорожный сосуд для питья. Отсюда первая версия: предок Кубышиных мог заниматься изготовлением такой посуды — быть гончаром или бондарем.

Но у прозвища есть и другое, бытовое значение: «кубышкой» в народе называли плотного коротышку, толстячка. В старину полнота считалась признаком здоровья и достатка, поэтому подобные прозвища не носили обидного оттенка и были распространены. Скорее всего, прозвище Кубыша получил именно за внешность — круглый, крепкий человек.

Модель образования фамилии стандартная для русской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Кубышина — буквально «жена или дочь Кубыши», а в закрепившемся виде — потомок человека с прозвищем Кубыша.

По документам, родственные прозвища встречаются уже в XVI–XVII веках. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского записаны: Кубышка Василий, крестьянин, 1593 год, Арзамас; Кубышкин Иван, крестьянин, 1634 год, Нижний Новгород. Эти записи подтверждают, что прозвище бытовало в центральных и поволжских землях. Сама фамилия Кубышина, скорее всего, сложилась в тех же краях.

Таким образом, фамилия Кубышина — типичный пример русского «прозвищного» именования, где за основу взяли либо ремесло (гончарное дело), либо внешнюю черту (полнота). Обе версии правдоподобны, но вторая — про толстячка — встречается в подобных фамилиях чаще и объясняет прозвище без привязки к профессии.