Фамилия Кубышын — редкая и неочевидная для разбора. У неё нет массовой статистики по регионам, и в словарях русских фамилий она не фигурирует как распространённая. Но словообразовательная модель подсказывает, что перед нами, скорее всего, притяжательное прилагательное с суффиксом -ын, которое закрепилось как фамилия. Этот суффикс указывает на принадлежность: чей? — Кубышин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кубыша.

Главный вопрос — что такое «Кубыша». Здесь возможны два пути, и оба ведут в диалектную лексику. Первый: основа «куб» в русских говорах могла означать не только геометрическую фигуру, но и меру сыпучих тел, сосуд, а также нечто короткое и толстое. Прозвище Кубыша могли дать человеку приземистому, плотному, «кубическому» по фигуре. Второй вариант — связь с глаголом «кубыть» или «кубыться» (в северных и сибирских говорах — «кувыркаться», «возиться», «медлить»). Тогда Кубыша — человек неповоротливый, копун, либо, наоборот, тот, кто кувыркается, вертлявый. Какая версия правдоподобнее? Скорее первая, поскольку прозвища по внешнему признаку — один из самых архаичных пластов русских фамилий.

Суффикс -ын вместо более привычного -ин (Кубышин) — не ошибка, а орфографическая особенность. В говорах после твёрдых шипящих и ц могло писаться «ы»: Кубышын, как и, например, фамилии Куцын, Рыжын. Встречаются такие написания в основном в документах XIX — начала XX века, особенно в южнорусских и западнорусских губерниях. Поэтому фамилия Кубышын — это не искажение, а диалектный вариант фамилии Кубышин, сохранивший более древнее написание.

Однокоренные фамилии — Кубышев, Кубышкин, Кубыш — тоже редки. Если Кубышев образован по той же модели (сын Кубыша), то Кубышкин — уменьшительная форма от того же корня. Интересно, что в украинском языке есть слово «кубишка» — небольшая ёмкость, денежная копилка, что добавляет бытовой оттенок: прозвище могли дать запасливому или скуповатому человеку.

Социальный статус первых носителей фамилии Кубышын, скорее всего, крестьянский или мещанский. Дворянских родов с таким окончанием и основой не зафиксировано. Фамилия не получила распространения за пределами узкого ареала — вероятно, одной-двух деревень, где жил родоначальник Кубыша. Сегодня она встречается единично, что делает её ценной для генеалогии: каждый носитель может почти наверняка вывести свою линию от одного предка.