Фамилия Кубышка — яркий пример того, как прозвище, данное человеку по внешности или характеру, закрепилось в качестве родового имени. В основе лежит слово «кубышка», которое в русских говорах имело несколько значений, и все они намекают на нечто округлое, полное или приземистое.

Самое прямое значение — небольшой округлый сосуд, бочонок или фляга. Прозвище Кубышка могли дать полному, плотному человеку, «круглому как бочка». В диалектах «кубышкой» называли также кувшинку (жёлтую водяную лилию) из-за её шарообразного цветка, а в некоторых областях — глиняную копилку. Таким образом, прозвище могло относиться к человеку бережливому, скрытному или даже к тому, кто жил у пруда, заросшего кубышками. Встречается и ироничное значение — так могли назвать маленького, коренастого человека.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Кубышка + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). То есть Кубышкин — сын или потомок Кубышки. Окончание -ин характерно для фамилий, образованных от слов женского рода на -а/-я. Это одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, наряду с -ов/-ев.

Фамилия не является ни дворянской, ни редкой — она бытовала в основном в крестьянской и мещанской среде центральной России и Поволжья. Встречаются варианты написания Кубышкин и Кубышков, но форма Кубышкин более частотна, так как напрямую отсылает к прозвищу Кубышка. Географически фамилия чаще всего фиксировалась в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях.

С точки зрения словообразования, фамилия Кубышкин стоит в одном ряду с такими же «округлыми» прозвищами, как Бочкин, Кадушкин, Жбанов. Все они — отражение народной склонности характеризовать человека через бытовые предметы. Никаких сложных этимологических споров вокруг фамилии нет: корень прозрачен, а значение — бытовое и наглядное.