Фамилия Кучишкин — редкий пример того, как суффикс может ввести в заблуждение. На первый взгляд, типичная «-ин» модель: Кучишка + -ин, то есть «чей?» — сын Кучишки. Но вот с основой всё сложнее. В русских говорах слово «куча» многозначно: это и стог сена, и беспорядок, и толпа. Однако суффикс «-ишк-» придаёт уменьшительно-пренебрежительный оттенок (ср. домишко, мужичишка). Значит, «Кучишка» — это не просто маленькая куча, а прозвище человека, которого так окрестили за неопрятность, безалаберность или склонность к накоплению хлама.

Версия с тюркским корнем маловероятна. Хотя в тюркских языках есть основа «куч» (сила, стая), суффикс «-ишк-» для них нехарактерен, а фамилия явно славянская по словообразовательной модели. Ближайшие аналоги — Кучин, Кучкин, образованные от прозвища Кучка (ср. с боярином Кучкой, основателем Москвы). Но Кучишкин стоит особняком: «-ишк-» встречается в фамилиях редко, чаще в прозвищах (Волчишка, Глупишка), которые затем становились основой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где были живы диалектные формы. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских с прозвищем Кучишка — вероятно, так называли неудачливого или нерадивого хозяина. Сословно это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия: в дворянской среде такие уничижительные формы не приживались.

Таким образом, Кучишкин — сын того, кого в деревне звали Кучишкой. Прозвище не лестное, но точное: оно рисовало образ человека, у которого «всё в кучу», без порядка и толка.