Фамилия Куданкина образована от топонима Куданки. Села и деревни с таким названием достаточно широко распространены на территории России и Украины. Например, существует деревня в Волосовском районе, село в Хмельницкой области. Согласно другой гипотезе, фамилия образована от прозвища Куданка. Оно восходит к тюркскому «кудан» - «серый», «слуга». В таком случае это прозвище либо отражало черты характера и особенности поведения основателя фамилии, либо указывало на социальное положение и род деятельности предка. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Куданка, со временем получил фамилию Куданкина.