Фамилия Куданкин чаще всего образована от названия населённого пункта — топонима Куданки. Деревни и сёла с таким именем встречаются в разных регионах: например, в Волосовском районе Ленинградской области или в Хмельницкой области Украины. Предок, переехавший из такого места и названный по нему «Куданка», дал начало фамилии с типичным русским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Куданкин.

Есть и другая версия — от прозвища Куданка, которое могло иметь тюркские корни. В некоторых тюркских языках «кудан» означает «серый» или «слуга». Серый цвет — неяркий, неприметный — мог стать прозвищем человека скромного, заурядного. А значение «слуга» прямо указывало бы на социальное положение или род занятий: возможно, предок был в услужении у кого-то. Прозвище закрепилось за ним, а затем перешло в фамилию по той же модели — с суффиксом -ин.

Какая из гипотез правдоподобнее? Топонимическая выглядит надёжнее: географические названия Куданки реально существуют, и фамилий, образованных от названий деревень, в России огромное количество. Тюркская версия возможна, но менее подтверждена — корень «кудан» в значении «слуга» не является общеупотребительным, а «серый» могло быть просто цветовой характеристикой, а не прозвищем. В любом случае, фамилия редкая и неоднозначная: её носителям есть из чего выбирать при восстановлении семейной истории.