Фамилия Куданенко почти наверняка украинского происхождения — об этом говорит суффикс -енко. В украинской ономастике это самый распространённый патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». То есть Куданенко — это буквально «сын Кудана». Такая модель образования фамилий стала особенно массовой в Поднепровье, на Левобережной Украине и в Слобожанщине в XVI–XVII веках, а позже распространилась на Кубань и юг России.

Основа фамилии — Кудан. Это древнее личное имя или прозвище, которое могло иметь несколько значений. Самая прямая версия: Кудан — это форма тюркского имени Кутан или Кудан, что означает «ягнёнок» или «барашек». В степных регионах, где русские и украинцы веками соседствовали с тюркскими народами (татарами, ногайцами), такие прозвища были обычным делом. Человека могли прозвать Куданом за мягкий нрав, курчавые волосы или за то, что он пас овец.

Менее очевидная, но возможная версия связывает Кудана с диалектным глаголом «кудать» или «кудыкать» — то есть ходить без дела, праздно шататься, или, в некоторых говорах, просить милостыню. В этом случае прозвище Кудан давали человеку с соответствующим поведением. Однако тюркская версия выглядит более убедительной, если учесть, что фамилия распространена в тех областях, где исторически были сильны тюркские влияния — на юге Украины, в Запорожье и на Кубани.

С точки зрения социальной истории, фамилия Куданенко не указывает на дворянское происхождение. Это типичная фамилия казацкой или крестьянской среды. Её носители, скорее всего, относились к реестровым или вольным казакам, а после ликвидации Запорожской Сечи вошли в состав государственных крестьян или мещан. Встречается она и сейчас преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в Краснодарском крае России, куда её принесли переселенцы.

Если сравнивать Куданенко с однокоренными фамилиями, то видна та же модель: Кудан, Куданов, Кудановский, Кудин, Кудинов. Но именно форма «Куданенко» закрепляет за своим носителем не просто имя предка, а его прямую принадлежность к роду — «потомок того самого Кудана».