Фамилия Кудайкулова образована от сложного имени Кудайкул, которое складывается из двух древнетюркских основ. Первая часть, «кудай», означает «бог» или «небо». Вторая часть, «кул», переводится как «раб» или «слуга». Вместе имя Кудайкул трактуется как «раб бога» или «слуга неба». Такая модель имени — «раб (божества)» — широко распространена в тюркской ономастике, где имя указывало на принадлежность человека высшим силам.

Сама фамилия Кудайкулова — это притяжательная форма, характерная для русского и некоторых тюркских языков, означающая «из рода Кудайкула». Суффикс -ов/-ова в данном случае закрепился в русской документальной традиции, хотя в казахском языке фамилия могла бы звучать как Кудайкулов (схожая форма) или как Кудайкулы (с суффиксом -улы, указывающим на происхождение от отца).

Ключевая историческая фигура, связанная с этим именем — казанский царевич Кудайкул. В 1506 году он перешёл на русскую службу, принял крещение с именем Пётр Ибрагимович и женился на дочери великого князя Ивана III. Этот брак сделал его частью высшей русской знати. Другой Кудайкул, из казанской знати, известен как дипломат и посол. Таким образом, в первой половине XVI века фамилия Кудайкуловы принадлежала представителям казанской аристократии.

В более поздних источниках фамилия встречается в казахских степях. В документах упоминаются Бисенгали Кудайкулов (1890 года рождения, 4 аул Байганинского района Актюбинской области) и Дихамбек Кудайкулов (1905 года рождения, 13 аул Балхашского района Алма-Атинской области). Это указывает на широкое географическое распространение фамилии в среде казахов, где имя Кудайкул сохраняло свою популярность как благочестивое и религиозное.