Фамилия Кудайназарова — женская форма от Кудайназаров, и её корни ведут в Среднюю Азию, скорее всего в Узбекистан или Таджикистан. Основа здесь — мужское имя Кудайназар, которое складывается из двух компонентов. Первый, «Кудай», восходит к тюркскому или персидскому слову со значением «бог» или «господь» (в разных диалектах — Худай, Кудай). Второй, «назар», арабского происхождения, означает «взгляд» или «обет». Вместе имя Кудайназар можно истолковать как «божий взгляд» или «обет перед богом» — такие имена нередко давали в знак религиозного посвящения или как пожелание божественной защиты.

Модель образования фамилии типична для тюркских народов, попавших под влияние русской административной системы в XIX–XX веках. К имени отца (Кудайназар) добавили русский суффикс -ов, а затем и окончание женского рода -а. Получилась Кудайназарова — «дочь (или жена) Кудайназара». В самой Средней Азии фамилии в таком виде закрепились относительно поздно, в советское время, когда паспортная система требовала единого образца.

Интересная деталь: ударение в фамилии обычно падает на третий слог — Кудайназáрова, хотя в исходном имени Кудайназа́р ударение на последнем слоге. Это типичный сдвиг для фамилий, адаптированных к русской фонетике. Встречаются и варианты написания через «Х» — Худайназарова, что отражает диалектное произношение (Худай вместо Кудай). Оба варианта относятся к одному корню, и носители фамилии могут встречаться как в Узбекистане, так и среди диаспор в России, Казахстане и Кыргызстане.

По социальному происхождению предки Кудайназаровых, скорее всего, были оседлыми земледельцами или ремесленниками, а не кочевниками-скотоводами, поскольку имя Кудайназар распространено именно среди оседлого населения — узбеков и таджиков. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, это народная фамилия, возникшая из личного имени.