Фамилия Кудухты стоит особняком в русском ономастиконе. Это не привычная модель на -ов или -ин, а застывшая форма родительного падежа множественного числа. Если разобрать её по составу, то корень «кудухт», а окончание — «ы». В русском языке такая конструкция характерна для фамилий, образованных от прозвищ или названий, указывающих на принадлежность к группе людей или месту: «из кудухт» — «из числа тех, кто носит прозвище Кудухта».

Само слово «кудухта» — тёмное, не встречающееся в общеупотребительной лексике. Скорее всего, это диалектное прозвище, причём не центральнорусское, а северное или уральское. В архангельских и вологодских говорах известно слово «кудахтать» — суетиться, хлопотать без толку, а также «кудахта» — наседка или хлопотунья. Вполне вероятно, что Кудухтой прозвали суетливого, беспокойного человека, который вечно возится с делами, но не всегда успешно. В пользу этой версии говорит и характерный для северных фамилий суффикс -ых/-их (ср. Северных, Коротких), который здесь трансформировался в окончание -ы.

Однако есть и другая версия, связанная с тюркскими языками. В башкирском и татарском языках «көтөү» означает «стадо», а «көтөүсе» — пастух. Фонетически «кудухты» могло быть искажённым вариантом прозвища пастуха, особенно если человек попал в русскоязычную среду. Но это лишь гипотеза, так как конечное «-ты» в тюркских фамилиях обычно не встречается.

Фамилия крайне редкая. Носителей можно встретить в Западной Сибири и на Урале, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из северных губерний. Сословно это, скорее всего, крестьянский или мещанский род: дворянские фамилии такой модели почти не образовывали. В дореволюционных метрических книгах Кудухты писались именно так, с окончанием -ы, что указывает на их происхождение из среды, где фамилия только закреплялась и ещё не обросла типовыми суффиксами.

Таким образом, Кудухты — это «застывшая» фамилия-прозвище, скорее всего, описывавшая характер человека (хлопотун) или его занятие (пастух). Её главная особенность — редкая грамматическая форма, которая сохранила исходное прозвище почти без изменений.